孙奇逢的学术思想，是“以慎独为宗，以体认天理为要，以日用伦常为实际”。就是说，要以“在独处中谨慎不苟”为宗旨，以体察认识“仁、义、礼、智、信等封建伦理的客观道德、法则”为主要内容，以日常的“人与人相处的常道，即封建社会的伦理道德”为客观存在的事物和情况。前者主于一“心”，后两者则侧重于“理”，兼采王（阳明）、朱（熹）之学说，调和心学和理学，从而成为两派的调和论者。除此之外，他还有不少可贵的见解。他针对王学的“流于空虚”和朱学的“僵化”之弊，提出以实补虚，以虚泄实，强调“经世宰物”、“躬行实践”“主于实用”的观点等。这些思想都和另外两大儒黄宗羲、李二曲的思想相映生辉。
孙奇逢是明清之际重要的哲学家，一生中特别是晚年在夏峰时，写出了许多关于哲学和世界观的著作。重要的如下：
《理学宗传》二十六卷，哲学史性质的著作；
《日谱》三十六卷，论道之著，与《理学宗传》并重；
《读易大旨》五卷，研究《周易》哲学专著；
《四书近指》二十卷，承统陆（九渊）、王（阳明）、程（颢、颐）、朱（熹）学说与孔、孟哲学思想的重要著作；
《晚年批订四书近指》十七卷，是《四书近指》的修订本，哲学思想更加丰富。
《书经近指》六卷，思想性非常丰富的哲学著作；
《夏峰集》，两种版本，一为十四卷，一为十六卷。是孙奇逢思想汇集之著作。
其他还有《中州人物考》、《畿辅人物考》、《游谱》、《年谱》、《家礼酌》、《孝友堂家规》、《答问》、《两大难录》、《圣学录》、《甲申大难录》、《取节录》、《苏门纪事》、《孙承宗年谱》等，且《埙篪（chí）编》与修订的《新安县志》、大部分著作风行海内，不胫而走，至今使人乐读不厌。