29岁时，孙奇逢开始离开本乡，到京师一带求学并四处走访有气节操守的人和有节义行迹的地方，以使自己身心受益。又出入于“任侠好客、肯见义勇为、扶助弱小”的牛俊臣之门，论交于进士周顺昌。又和少年时就极友好的鹿伯顺共同研学王阳明的《传习录》。与此同时开始授徒讲学，薛凤祚（zuò）、贾三槐、贾尔霖等，都是他最早的学生。
34岁时，他回到北城老家。由于他在京师几年的活动，影响渐趋增大。因此回到家乡后，远近前来从学、过访者日益增多。渐渐地，他的学问开始闻名于士大夫阶层和知识界。35岁时又到西张寺读书，和他经常来往的朋友有李含朴（pǔ）、鹿伯顺、范怀洙等。37岁时，吏科都给事中魏大中出使江右（江西省的别称），慕名专门到北城去访孙奇逢，二人一见如故，结为朋友。除此之外，孙奇逢在这段时间内也曾走访雄县（今河北雄县）县令任明臣又应鹿伯顺之约，到京师和他相会。到京后恰逢御史左光斗督导视察京城附近地区的教育行政事务结束归京，在别墅与孙奇逢会见。由此，孙奇逢名声越来越大。天启二年（1622），孙奇逢的好友鹿伯顺任参赞大臣，跟随内阁大臣孙承宗督师山海关，邀请孙奇逢到山海关居住了三个月，游览了山海关的山川形胜。其间结识了参军（总制一方军务之重臣，也称经略使）茅止生。茅止生极佩服孙奇逢的学问，请他谈谈对当前形势的看法，以受教益。孙奇逢洞察秋毫，一言道破当时国内之大弊：“对外，将相不调未有能立功者；对内，统治者不能容人，未有尽忠者。如此，天下岂能太平？”此言引起了孙承宗的赏识，意欲举荐孙奇逢，奏请皇上起用。孙奇逢知道后，仓促离去，返归北城。这是他的第一次征召不仕，也具体反映出他的“耻事名利”思想。
果不其然，这年的春夏之际，各地爆发了农民起义革命烈火很快蔓延，引起朝廷极大惊慌。刚刚回到北城的孙奇逢，“闻警，约同志练乡勇”（见《年谱》第14页），积极组织地方武装，以防不测。
正如孙奇逢所说的那样，国家形势上下内外俱为不妙。农民起义，已是兵连祸结。而朝中政治更为糟糕。天启乙、丙年间（1625~1626）熹（xī）宗皇帝不问朝纲，酷好斧凿绳墨，丹青髹（xīu）漆，致使朝中混乱。奶妈子客氏为所欲为，太监魏忠贤专横跋扈。一时间，把个朝中弄得君不似君，臣不似臣。国家危难在即。这时，一心为国忠贞不二的东林党人魏大中、左光斗、杨涟等人恪守“风声、雨声、读书声，声声入耳，家事、国事、天下事，事事关心”的宗旨，不顾身家性命，希图力挽狂澜。但不幸被魏忠贤阉党诬陷入狱。孙奇逢知晓东林党人遭难，便竭力进行营救。孙奇逢早年就以豪侠著称，曾为乡里打抱不平。此时的孙奇逢已40多岁，是非曲直，自是爱憎分明。何况他与魏大中、左光斗还有朋友之交呢？因此，魏、左、杨事发后，他置个人安危于度外，不畏谤议，和鹿正（明万历年间进士）、张果中（孙奇逢的学生）一起，挺身营救。然而他们不能面君申辩冤屈，只得游说百姓募捐银两，以图赎出。他派他的弟弟孙奇彦，到山海关求助于孙承宗等人。自己前往白沟（容城境东）去见被押的左光斗和魏大中。当时，魏忠贤对东林党人恨之入骨，如同发疯一般，横加诛戮。左光斗、魏大中的一些朋友惊恐之至，一时知交，削迹远遁，捧头鼠窜，唯恐蔓延波连”。（见〈夏峰集·本传》）但孙奇逢不畏狂暴，挺身前往。到达白沟后，见四处都布满了东厂特务，气氛一片恐怖。在特务严缉左、魏家属的情况下，他受二人之托，冒着生命危险，为左光斗的弟弟左光明、魏大中的儿子魏学洢等，“计逃匿之所”，（见《年谱》第15页）帮助他们脱离危险。天启六年（1626），周顺昌也被逮捕。这时候，在山海关参赞军务的鹿伯顺也匆忙赶来，和孙奇逢一起凑钱数百金送往京都营救。但为时已晚，未等金钱送到，左、魏、杨、周等人已被立斩午门，全部遇难。孙奇逢悲痛欲绝，愈加对时政痛心不已。
经过营救左光斗、魏大中、杨涟、周顺昌事件，孙奇逢、鹿正、张果中将身家性命置之度外的义行，深为时人所推崇，称他们三人为“范阳三烈士”。从此之后，四方有志之士，慕名从学之人，纷纷前来，络绎不绝。一时间，北城学者云集，盛况空前。
孙奇逢成为声闻乡里的名士，其影响力和号召力引起官方的注意。崇祯三年（1630）御史黄宗昌上奏章请求征聘孙奇逢，说孙奇逢可与谋大事。地方上有事，他一声号令，即可团聚乡兵，使地方隐然成一重镇。这是孙奇逢第二次被征聘。孙奇逢对当时的朝政已不抱什么希望，毅然以“病”辞聘。崇祯八年（1635）九月，给事（皇帝左右掌谏诤弹劾之官）王志正又保举推荐孙奇逢。孙奇峰说“学而不优，恶可言仕？人即知我，孰若自知。”（见《谱》第22页）意思是说：“我学习很紧张，没有多余的时间和力量去从政，怎么可以说做官的事呢？人们即便说很熟悉我，但哪有我熟悉我自己呢？”很显然，这是一些推托之辞，后来的直隶巡抚都御史张其平、恤刑员外郎胡间化，都曾上奏皇帝起用孙奇逢，而且奉旨加级擢（zhuó）用，都被孙奇逢一一 谢绝。
孙奇逢屡征不起，自有他的道理。一是他早已淡泊名利。二是自有其难言之苦衷。因为他已看到当时的朱明大厦行将倾覆，大局是不可挽回的。而且他对李自成的起义也有看法，他认为明朝政权虽然岌岌可危，李自成起义有可能取胜，但是江山不可能是李自成的，李自成不过是"为他人办薪水耳！”（见《日谱》）在这种状况下，他怎么会步入仕途呢？这一点，清康熙进士、礼部侍郎方苞在《孙夏峰先生年谱序》中曾称赞他说：“先生生明季，知天下将亡，而不可强以仕，此固其所以明且哲也。”
孙奇逢不愿做官，但并不是对国家大事漠不关心。一方面，他反对阉党祸国。另一方面，对边境上将要遭受的祸患也忧心忡忡。崇祯九年（1636），皇太极派兵向朱明政权发动攻势，直下昌平（今北京市昌平县），逼近京畿（jī）：危及容城。孙奇逢恐容城难保，率领自家兄弟和宗族乡党、邻邑戚友数百家入城护卫。当时容城的城墙已颓废不堪，西北角尤甚，几乎毁之殆尽。孙奇逢让其他人沿城看守，自己独挡西北一面，意欲紧急筑城以御敌。但未等动工，清兵已到，而且集中力量进攻西北一面。孙奇逢率众边和清兵搏斗，一边加紧筑城。大伙儿在孙奇逢誓死护城精神的感召下，同心协力，很快便将城筑好。孙奇逢又调和官绅，同舟共济。并倡导大家捐献财物，以保身家。这样，清兵攻城数次竟没有攻下来，容城得以保全。而邻近的一些城市都已陷落，唯有容城有幸保全。
不过，孙奇逢觉得容城虽然得以保全，可容城的现状是墙垣衰颓，牛羊能上，不可以固守。那次取得胜利，不过是不幸中之大幸。因此，他一再请求官府加筑城墙，以防不测。但官府没有付诸实施。崇祯十一年（1638），清兵再次进攻，而且直达山东境内，形势更加紧张。孙奇逢感觉容城已无法居住，便决定携家带口，徙居易州（今河北易县）可以避险的山区之地双峰村。当时，随从他迁的门生亲故和从而相保的人又有数百家之多。孙奇逢定居双峰村之后，整顿秩序，部署防御，礼节教化，学习诵读，无有一日停顿。使大家不仅安然无恙，而且受益浅。
此时，农民革命的风暴愈演愈烈。大司马范景文又檄文征召他为赞画（明代文官，为赞襄谋划之意），辅助谋划军务。孙奇逢推辞不赴。崇祯十二年（1639），双峰村也趋于危险，孙奇逢又率家落脚于百楼村，仍令子弟受学。崇祯十五年（1642）时，农民起义的声势日见炽烈。第二年孙奇逢鉴于时势之紧迫，百楼也居不得，便离开百楼，又移居江村（今河北定兴县）鹿伯顺家。十月，家乡趋于缓和，又归还北城老家。
崇祯十七年（1644）春，李自成农民军围攻京师甚急。孙奇逢再次携家进入双峰村。四月，李自成派人邀请他赴京受官，由于他对李自成存有看法，拒绝不受。五月，清定鼎北京，是为清顺治元年（1644）。孙奇逢又返回故里北城村，托病不出，结束了多年的避世隐居、讲习道义的流浪生活。是年，孙奇逢60岁。
满清以一个生产落后的少数民族，骤然入关，轻而易举地战胜生产先进的汉民族，夺取农民革命的胜利果实，代明而有天下。这也就是孙奇逢所说的“李自成为他人办薪水耳”。这个不争的事实，一下子惊呆了整个汉族封建士大夫阶层，他们都有遭劫之感。孙奇逢作为明朝遗民和文人阶层中的一分子，虽然对明朝灭亡早有预感，但真到了灭亡时，内心仍免不了深深的痛苦。他沉痛地说：“贤恿谁是得？天地一危机。”（见《夏峰集》第376页）就是说，这种局势的到来，谁也无可奈何呀!
不过，入清以后，孙奇逢的学识与声望，又受到新统治者的青睐。顺治元年（1644）九月，顺天（今北京）巡抚（省级地方政府长官，总揽一省的军事、吏治、刑狱、抚民等。每逢乡试，则充监临官，总摄场务。从二品）柳寅东以“人才”荐（是说孙奇逢学识高超，极有才能，以此举荐），孙奇逢以病相辞；第二年三月，兵部左侍郎（掌京营操练之官，从二品。清朝时分左、右侍郎，满汉各员）刘余佑以“举知”荐（“知”同“智”，言孙奇逢聪明而有智慧），他再以病辞；国子祭酒（学官名，掌管教育，为国子监的主管官。国子监为封建时代的教育管理机构和最高学府）薛所蕴以“让贤”荐（谓孙奇逢礼贤下士，让位于贤者），他仍以病辞；礼科给事中（掌稽核典礼事务、注销礼部、宗人府、理藩院等衙门之文卷之官）陈裴又以“隐逸”荐（隐逸即隐居之士），他复以病辞不论何人举荐，他都以病作为挡箭牌，谨守初志不渝。